Moglie e madre
Amata moglie di Gendo e madre di Shinji, Yui muore durante un test di sincronia con l'Eva 01. Il suo spirito resterà in questa unità fino al compimento del Third Impact, quando l'Evangelion morirà e la sua anima verrà liberata. Questo spiega la particolare natura della 01 (oltre al fatto di essere composto dalla materia di Lilith). Yui, tramite lo 01, proteggerà numerose volte suo figlio ed anche Rei (suo semi-clone, che, ricordo, contiene alcuni ricordi della sua vita come Yui).
Come Rei, risulta confusa nella sua identità e individualità. Ha amato Gendo che, allo stesso tempo, odia per ciò che le ha fatto. Come Eva-01, diventa il principale vanto della Nerv e dei suoi membri per la comprensione della potenzialità degli Eva e della loro reale natura. Il terzo vanto, dopo il posesso di Lilith e Adam.
Yui aiuterà Shinji nel Third Impact, riportando la Lancia di Longinus sulla Terra (come Eva-01) e unendosi con lui (come Rei) per aiutarlo a trovare la felicità che lui per tanto ha cercato. Yui è stata colei che ha introdotto Gendo nel Gehirn e nella Seele , dopo aver letto le "Pergamene del Mar Morto" ed i piani che Keel Lorenz progettava per l'umanità. Da questo contrasto con Lorenz, potremmo derivare che il suo incidente potesse essere un qualcosa di voluto, per avere il pieno controllo dello 01, ma ripeto, è solo un'ipotesi. Da questo possiamo anche capire il perchè Gendo voglia contrastare Lorenz nei piani del Third Impact.