Rebirth inizia con una breve introduzione sulla città, poi il tutto si sposta all'interno del reparto ospedaliero della Nerv. Shinji è all'interno della camera 303, in cui è ricoverata Asuka , in stato di shock, monitorata da diversi strumenti. Shinji la scuote, piangendo, nella speranza di rianimarla, ma alla fine le lenzuola cadono dal letto e lei resta nuda: la scena si sposta sulla maniglia della porta recante la scritta "chiuso" e, ansimando, Shinji comincia a masturbarsi guardandola. Misato intanto sta interrogando i Magi ( i computer della Nerv nei quali la madre di Ritsuko ha suddiviso la sua personalità a secondo dei ruoli di madre, scienziata e donna), e scopre finalmente la verità sul "programma di perfezionamento dell'uomo" : l'uomo sarebbe arrivato ad un vicolo cieco nel suo presente stato evolutivo, l'unico modo di evolversi ancora verso uno stadio maggiore di perfezione dovrebbe avvenire artificialmente grazie al Third Impact. Dopo aver letto questo, Misato avverte lo staff della Nerv. Tutti gli Angeli sono stati sterminati, e la Seele cerca di togliere il comando della Nerv a Gendou tramite i Magi, ma Ritsuko blocca prontamente l'accesso. La Seele, allora, reagisce in maniera molto violenta: riesce a convincere le Nazioni Unite che la Nerv abbia intenzione di distruggere il genere umano: alle truppe dell'ONU viene dato l'ordine di uccidere tutte le persone che fanno parte della Nerv, e di impossessarsi degli Evangelion, di Adam e di Lilith . Inizia così una serie di scene che sono forse tra la più violente e crude viste in un anime: Misato riesce a trovare ( e miracolosamente a salvare ) Shinji, ma nella Nerv vengono uccisi tutti quelli che capitano a tiro dei soldati dell'ONU. Intanto Gendo e il terzo clone di Rei incontrano Fuyutsuki: qui parlano di Yui, la madre di Shinji. Asuka, che è ancora in stato di shock, viene portata invece all'interno dell'Eva02, in modo da tenerla sicuro: dopo aver lottato contro i suoi incubi , la ragazza riesce ad aprire gli occhi, aziona L'Eva02 ed inizia ad attaccare le truppe dell'ONU. I soldati riescono, però, a staccare l'alimentazione dell'Eva02: Asuka può agire per soli 5 minuti. La ragazza continua a lottare, ma all'improvviso vengono lanciati, da degli aerei, ben 9 Evangelion Eva05-13. Rebirth termina con i 9 Eva che volano come avvoltoi al di sopra dell Eva02, lasciandoci con un finale che sembra tagliato.