Misato e Shinji sono insieme in auto. La vettura viene presa di mira dai militari e si schianta, ma i due restano illesi. Misato, grazie all'aiuto di Maya, si mette in cottatto con Asuka e le spiega che è necessario evitare il "Third Impact", per questo devono assolutamente essere eliminati i 9 Eva dallo 05 al 13. Misato cerca di portare Shinji all'interno dell'Eva01 per aiutare Asuka. Purtroppo dei soldati li individuano e aprono il fuoco. Misato viene ferita gravemente e ormai sa di avere i minuti contati, perciò cerca di mettere in salvo il Shinji. Misato è ormai in fin di vita e regala a Shinji la sua croce, dopodichè gli da un bacio sulle labbra. Lo spinge nell'ascensore, che lo porterà lontano dai soldati, infine crolla a terra, in una pozza di sangue. Subito dopo arriva Rei, che vedendo Misato per terra, la trasforma in "LCL". Asuka, intanto, combatte contro i 9 Evangelion. L' energia degli Eva05-13 non si consuma mai, perchè sono dotati del motore S2. Uno di questi pianta la propria lancia in un occhio dell'Eva02: ormai non c'è più nulla da fare. Gendo e Rei sono insieme. Di fronte a loro c'è "Lilith". L'uomo avrebbe intenzione di entrare isieme a Rei in "Lilith". Intanto Ritsuko cerca di distruggere la base con l'auto distruzione, ma i Magi le disobbediscono, e Gendo la uccide con un colpo di pistola. L'Eva02 sta per essere divorato dai suoi nemici, ma proprio mentre sta per entrare in modalità Berserk, viene trafitto da 9 lance e subito dopo viene fatto a pezzi. Shinji riesce a sapere cosa è successo alla sua amica per mezzo di Maya: di conseguenza ha paura di entrare nello 01, ma ad un certo punto il suo Eva si muove da solo, così il ragazzo capisce che è giunto il momento di entrare nell'Entry Plug. Improvvisamente un'enorme croce porpora furiesce dal Geofront: L'eva 01 comincia l'azione. Shinji urla e terminando la prima parte del film. La seconda parte inizia con Shinji che vuole suicidarsi: in qualche modo il ragazzo riesce a richiamare a se la Lancia Longini e vorrebe suicidarsi con questa. La lancia, invece di trafiggergli il collo, si ferma a pochi centimetri da lui, le 4 ali di luce diventano una croce e i 9 Eva vi si attaccano , sollevandolo da terra: tutti insieme prendono la forma dell'"albero della vita". Il Third Impact è iniziato: un'enorme esplosione parte dal "Geofront" espandosi per tutto il Giappone e man mano oltre. Intanto Gendo cerca di fondersi con Rei in modo da poter entrare in "Lilith". Rei perde un braccio e lo sostituisce con quello di Gendo. L'uomo sta per essere risucchiato, cerca di resistere, ma Rei lo deride e si dirige verso "Lilith", entrando dentro di lei. "Lilith" si trasforma in una Rei enorme, alta fino alla stratosfera dove si trova lo 01. Cerca di prenderlo con se per fondersi con lui, ma Shinji, ancora sotto shock, vede la enorme Rei con un viso simile a un mostro, Lilith prende la forma di Kaworu tentando di tranquillizzare il ragazzo. Lo trae a sé, e si fonde con lui. Il Giappone è ormai una massa di fuoco che si espande per tutto il pianeta. Tutti gli uomini si trasformano in croci fiammengianti e tutte le loro anime volano verso la la Rei gigante che li assorbe. Comincia ultima parte del Third Impact: Shinji si ritrova di fronte a Rei: il Third Impact dipende unicamente da lui, poichè si compirà con la fusione tra lui e la ragazza. Shinji incontra Asuka nel passato, ma lei lo respinge violentemente, perchè ha paura che anche lui si approfitti di lei come hanno fatto tutti. Shinji si arrabbia, le prende il collo e la soffoca. Ritorniamo al presente e il ragazzo sta per accettare di essere fuso con Rei, ma all'improvviso si trova di fronte il crocefisso di Misato e riesce così a trovare la forza di dire no all'unione. Kaworu e Rei sono vicino a lui, chiedono che cosa vuole che succeda agli esseri umani: il ragazzo chiede che tutti ritornino in vita. Appare così una foto di gruppo (la trovate qui a fianco), e sembra che tutto si sia concluso per il meglio. La Rei gigante cade in pezzi: la lancia inizia a fluttuare nello spazio con la speranza che un altra razza la trovi, si evolva fino allo stadio massimo, e che abbia il coraggio di far avvenire il Third Impact. Shinji si sveglia, si guarda intorno, vedendo una terra completamente desolata. Accanto a lui c'è Asuka con una fascia su un occhio e alle braccia; egli ricordando quanto è successo prima, tenta di strangolarla. Ma quando lei lo prende per il braccio e cerca di fermarlo, lui scoppia in lacrime. Asuka lo guarda, si tocca il collo e dice: "Che sensazione terribile!".