John Cena nasce a West Newbury, MA il 23 aprile 1977. Debutta un ring nei primi mesi del 2000 alla UPW (Universal Pro Wrestling), piccola federazione californiana di proprietà di Rick Bassman, affiliata alla WWE. In questa federazione John Cena, assume la gimmick ed il nome di "Prototype", un heel convinto di incarnare il perfetto uomo, "il prototipo umano". Dopo pochi mesi dal suo debutto, John conquista l'UPW title, il 27 aprile 2000 a San Diego, California, ai danni di Smelly.
Per il suo debutto televisivo in uno show WWE, John Cena deve attendere un po': l'occasione arriva il 27 Giugno 2002 in un edizione di SmackDown! quando Cena risponde ad una sfida di Kurt Angle aperta a tutti. Cena offre una prova eccellente per un rookie e sfiora la vittoria in molte occasioni, ma è Angle a prevalere e a negargli una meritata stretta di mano a fine match. Cena poi, nella puntata di Smackdown! del 4 Luglio 2002 irrompe nel backstage interrompendo Jericho che stava parlando con Vince McMahon; Jericho infastidito da questo atteggiamento prova a reagire, ma John, lo stende con uno schiaffo. Quando Chris si riprende chiede a gran voce un match contro Cena nella stessa serata; il match viene sancito e a vincere è il canadese. I due si affrontano anche nelle settimane successive. Dapprima in un tag match: da una parte ci sono Cena & The Undertaker, dall'altra Jericho e Angle, e vince la coppia formata da John e il becchino. Poi Jericho e Cena si affrontano in un'altra puntata di SmackDown! dove Cena riesce a vincere per squalifica. Viene sancito cosi un match tra i due per il PPV Vengeance, dove Cena riesce, sorprendendo tutti, a battere l'atleta canadese.
Alla Royal Rumble 2003 Cena è protagonista di una prova incolore in quanto non elimina nessuno e viene eliminato come 22esimo (era entrato come 18esimo) da The Undertaker. Nonostante tutto, Cena può dirsi contento di aver partecipato a meno di un anno dal suo debutto in WWE ad un PPV cosi importante. Nella puntata di smackdown! del 13 febbraio John Cena partecipa al main event contro Brock Lesnar, che distrugge il rapper bostoniano Infortunandolo. Quindi John torna per un breve periodo alla Ohio Valley Wrestling per allenarsi e cercare di recuperare dal suo infortunio.
Il 27 aprile 2003 a Backlash, Lesnar e Cena si affrontano per il titolo: la differenza tra i due wrestler è ancora netta e Lesnar riesce a vincere schienando Cena dopo una F-5. Fallito questo assalto al WWE Title, Cena torna nel midcarding ed infatti a Judgment Day 2003 affronta, insieme agli FBI (Palumbo e Stamboli) in un match 3 vs 3, Rhyno, Chris Benoit e Brian Kendrick. La squadra dove milita Cena riesce a vincere l'incontro grazie a Chuck Palumbo che ottiene il pin vincente schienando il più piccolo del team avversario: Kendrick. John Cena è poi impegnato in un feud di grande importanza: affronta una vera e propria leggenda del ring, The Undertaker. I due lottano in varie puntate di Smackdown! in match di coppia o handicap match, aspettando di avere la possibilità di affrontarsi "One on One", cosa che accade a Vengeance 2003, dove Cena, nonostante autore di un buon match, non può nulla contro il veterano di The Undertaker che lo schiena a seguito di una "Last Ride Power Bomb".
Cena cerca poi di conquistare la cintura di campione degli Stati Uniti detenuta da Eddie Guerrero. I due si affrontano diverse volte a Smackdown! in match violentissimi, tra cui una rissa nel parcheggio di unarena: Cena, però, perde sempre. Paga lo scotto di queste sconfitte non prendendo parte al PPV Summerslam, nonostante il pubblico stia cominciando ad acclamarlo sempre più. Comincia a crescere l'idea di un face turn per lui da parte dei bookers. A No Mercy 2003 John affronta Kurt Angle. I due avevano avuto degli screzi nelle precedenti puntate di Smackdown! con Angle che aveva preso in giro Cena per il suo modo di vestirsi (da rapper puro) e Cena che gli rispondeva con dei pezzi rap a doppio senso davvero fantastici (conquistando ulteriormente il favore del pubblico). A No Mercy, Cena esce sconfitto via Angle Lock.
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